I test di screening o gli eventuali esami aggiuntivi necessari in caso di risultati anomali, così come il trattamento delle lesioni rilevate tramite screening, possono comportare danni o rischi.
Il test per il sangue occulto nelle feci (FOBT) e il test immunochimico fecale (FIT) sono esami di screening indolori e sicuri. Essi possono tuttavia rilevare la presenza di sangue nelle feci non correlato con la presenza di cancro all'intestino o polipi. Nel caso di sangue nelle feci, verranno prescritti ulteriori esami come la colonscopia (cfr. "Colonscopia di follow-up" più avanti). Le persone invitate a effettuare ulteriori esami a seguito di un test di screening con risultati anomali potrebbero entrare in uno stato di ansia, che però generalmente non dura a lungo.
Molti pazienti riportano almeno un certo grado di disagio o dolore dovuto alla sigmoidoscopia flessibile, comunque inferiore rispetto a quello causato dalla colonscopia. Complicanze minori (nausea, svenimenti, vertigini o dolori addominali) si verificano in meno di 1 sigmoidoscopia flessibile su 150. Gravi complicanze, tra cui il sanguinamento pesante o la comparsa di una lacrima sulla parete intestinale, si verificano in circa 1 sigmoidoscopia flessibile su 3 000. Circa 1 paziente su 50 riporta episodi di dolore acuto subito dopo l'esame.
Come per lo screening con gFOBT o FIT, a seguito di un test di screening con risultati anomali verranno prescritti ulteriori esami come la colonscopia (cfr. "Colonscopia di follow-up" più avanti).
Molti pazienti riportano almeno un certo grado di disagio o dolore dovuto alla colonscopia. Generalmente la preparazione intestinale a base di lassativi (necessaria prima di effettuare la colonscopia) viene percepita come la parte peggiore della procedura. Dal momento che analizza anche la metà superiore dell'intestino, lo screening con colonscopia consente di evitare ulteriori esami in molti casi in cui viene rilevata la presenza di polipi o tumori di piccole dimensioni. Gravi complicanze sono state riportate in circa 1-5 su 1 000 esami effettuati nell'Unione europea. La comparsa di complicanze è più probabile nel caso di colonscopie in cui vengono rilevati e rimossi dei polipi. In casi estremamente rari, la colonscopia può portare alla morte.
La colonscopia di follow-up è una colonscopia effettuata a seguito di un gFOBT o FIT dai risultati anomali oppure per esaminare la parte superiore dell'intestino a seguito di uno screening con sigmoidoscopia dai risultati anomali. Essa comporta un rischio di complicanze leggermente più elevato rispetto allo screening con colonscopia, a causa della maggiore probabilità di rilevare e rimuovere polipi o tumori. È possibile che molti dei polipi rimossi in fase di screening non siano destinati a trasformarsi in cancro nel corso della vita del paziente, ma il futuro sviluppo dei polipi non è prevedibile. Gravi complicanze sono state riportate in circa 1 su 200 colonscopie di follow-up effettuate in Europa. Il rischio di complicanze da intervento chirurgico è maggiore se il polipo o il tumore non possono essere rimossi tramite colonscopia. In casi estremamente rari (1 esame su 10 000) la colonscopia può provocare la morte, ma il numero di decessi per cancro all'intestino evitati grazie allo screening è molto più alto.